Madrasah Aliyah Negeri Kandat Kab. Kediri merupakan perubahan dari Madrasah Aliyah Al-Fajar yang yang didirikan oleh Yayasan Pendidikan Islam Al-Fajar. Berdirinya Madrasah Aliyah Al-Fajar berawal dari permohonan izin operasional dari Ketua Umum YPI Al-Fajar Nomor : 09/MA/YPI/AF/VIII/1999 tanggal 20 Agustus 1999 yang  ditujukan kepada Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur di Surabaya melalui Kantor Departemen Agama Kab. Kediri dan permohonan itu dikabulkan dengan terbitnya Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur Nomor : Wm.06.04/PP.03.2/4877/SKP/1999 tanggal 27 Desember 1999 tentang Persetujuan Pendirian Madrasah Aliyah Swasta di Lingkungan Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur dalam hal ini Madrasah Aliyah Al-Fajar dengan Nomor Statistik Madrasah (NSM) 312.35.06.05.857 dengan Piagam Pendirian Madrasah Swasta Nomor : D/Wm/MA/001/1999 tanggal 27 Desember 1999.

Pada tanggal 13 April 2005 Pengurus YPI Al-Fajar mengajukan Proposal Penegerian Madrasah Aliyah Al-Fajar Kandat Kediri yang ditujukan kepada Menteri Agama RI c.q Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur namun sebelum terbitnya  Surat Keputusan Penegerian MA Al-Fajar Menjadi Madrasah Aliyah (Persiapan) Negeri Kandat Kab. Kediri (MAPN Kandat) dengan Nomor : D/Kw.13.4/MA/857/2005 tanggal 10 Juni 2005 berdasarkan Keputusan Kepala Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi Jawa Timur Nomor : Wm.06.04/PP.03.2/4877/SKP/1999.

Kemudian pada tanggal 6 Maret 2009 terbitlah Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 49 tahun 2009 tentang Penetapan Madrasah Aliyah (Persiapan) Negeri Kandat Kab. Kediri (MAPN Kandat) menjadi Madrasah Aliyah Negeri Kandat (MAN KANDAT) beserta penetapan 59 Madrasah Aliyah di seluruh Indonesia.

Pada tanggal 17 Nopember 2016  terbitlah Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 673 tahun 2016 tentang Perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsnawiyah Negeri dan Madrasah Ibtidaiyah Negeri di Propinsi Jawa Timur dan sejak tanggal tersebut nama MAN Kandat berubah menjadi MAN 5 Kediri.